شایع‌ترین کاربرد میکرومنیپولاتور، کاربرد در روش ICSI یا همان تزریق اسپرم داخل سیتوپلاسم تخمک میباشد. در این روش که از آن با نام Micro-Injection نیز یاد میشود، اسپرم با ابعاد حدود 3 میکرون به داخل تخمک با ابعاد حدود 100 میکرون تزریق میشود. این روش در درمان مواردی که اسپرم توانایی حرکتی لازم برای آمیزش با تخمک را ندارد، استفاده می شود.